A partir de la temporada 2004/05, la Copa de la UEFA ha adoptado un nuevo formato que incluye una fase de grupos junto al formato tradicional de partidos de ida y vuelta, con la final como partido único.

Cambio de formato
Dos rondas clasificatorias y la primera ronda propiamente dicha abren la competición. En este punto, 40 equipos se clasifican para la fase de grupos, que consta de ocho grupos de cinco equipos. Cada equipo disputa dos partidos en casa y otros dos fuera. Al final de esta fase, los tres primeros de cada grupo pasan a la fase eliminatoria, momento en el que se unen a ellos los ocho clubes que han quedado terceros de grupo en la fase de grupos de la UEFA Champions League.

Partidos a eliminación directa
Desde los dieciseisavos hasta las semifinales, los equipos juegan un partido de ida y uno de vuelta (local y visitante). El equipo que ha marcado el mayor número de goles en ambos partidos se clasifica para la siguiente ronda. En caso de que ambas escuadras hayan logrado los mismos tantos, se clasifica quien haya anotado más goles en el feudo de su rival.

La final
La final se decide en un único duelo.