La Copa de la UEFA de Fútbol Sala comprende tres fase de grupos y una final a cuatro.

Ronda preliminar
En función del número de participantes, los equipos con menor ranking pasan a disputar mini-torneos de tres o cuatro equipos que tienen lugar al inicio de la temporada. Cada mini-torneo lo acoge uno de los equipos que participa y cada conjunto juega ante los otros siendo el vencedor del grupo el que pasa a la siguiente ronda.

Ronda principal
Los ganadores de la ronda preliminar se unen al resto de participantes excepto a los cuatro conjuntos con un mejor ránking, que entran en la siguiente ronda. Los clubes se dividen en seis grupos de cuatro y los mini-torneos vuelven a disputarse en una sede pero esta vez avanzan a la siguiente ronda los dos mejores de cada grupo.

Ronda Élite
Los 12 equipos que provienen de la ronda principal se unen a los cuatro cabeza de serie y se forman cuatro grupos de cuatro equipos. Los ganadores de los mini-torneos, que se disputan en otoño, pasan a la fase final.

Fase final
Los cuatro clasificados juegan la fase final durante un fin de semana del mes de abril y la sede es escogida entre los participantes en dicha fase. El torneo se juega en formato eliminatorio con las semifinales dos días antes de la final y el partido por el tercer puesto. Si el partido por el tercer y cuarto puesto acaba en empate tras los 40 minutos se irá directamente a los penaltis. En el resto de los partidos, se jugarán diez minutos de prórroga.

Para más detalles, incluidos los criterios para desempatar equipos que hayan concluido igualados en su grupo, o después de una prórroga en el partido, se pueden encontrar en el reglamento oficial de la competición.