La Federación de Fútbol de Andorra fue fundada en 1994 debido a diversos desarrollos políticos. Después de estar siete siglos bajo la jurisdicción de Francia y el obispado de sus vecinos del pueblo español de Urgel, Andorra, ubicada entre España y Francia con una población actual de alrededor de 85.000 habitantes, no se convirtió en un estado democrático independiente hasta marzo de 1993.

En un principio el fútbol andorrano echó a andar a nivel amateur, mediante grupos de amigos que eran promovidos por las empresas de la zona, pero con el paso de los años ha logrado aumentar el nivel de su competición. Un equipo, el FC Andorra, tiene experiencia en una competición con más enjundia como la española desde 1948. Sin embargo, la independencia aportó frescura al movimiento del fútbol andorrano, y la Federación de Fútbol de Andorra (FAF) fue consolidada como entidad el 21 de abril de 1994.

La figura clave en el nacimiento de la federación fue el presidente fundador Francesc Vila, que falleció en un accidente de carretera a los 35 años, y que se consolidó como figura crucial por sus esfuerzos y entrega por la admisión de la FAF en los organismos internacionales. Fue entonces cuando Andorra se convirtió en miembro oficial de ambas asociaciones, FIFA y UEFA. 

Como resultado los equipos andorranos fueron introducidos en las competiciones internacionales. El CE Principat, como campeón, fue un club pionero cuando disputó la primera ronda de clasificación de la Copa de la UEFA 1997/98. La selección realizó su debut en competición oficial en la ronda de clasificación para la UEFA EURO 2000 con una derrota por 3-1 en Armenia el 5 de septiembre de 1998 con tanto de Jesús Lucendo. También cuajó una buena actuación ante Francia, ya que sólo encajó tres goles en dos encuentros ante Francia, campeón de la Copa Mundial de la FIFA y por entonces futuro campeón de Europa. En junio de 1998 llegaron a disputar otro amistoso ante Brasil en el que cosecharon una honrosa derrota por 3-0.

Todos estos acontecimientos deportivo ayudaron a que Andorra diera grandes pasos adelante en un corto espacio de tiempo. En Primera Divisió clubes como el UE Sant Julià, FC Santa Coloma, FC Rànger's, FC Encamp, Constellació Esportiva y Principat han estado en competición europea y jugadores como Ildefons Lima, Marc Bernans, Agusti Pol, Marc Pujol y Antoni Lima son ejemplos de futbolistas andorranos que juegan en el extranjero.

El colegio nacional de fútbol (ENFAF) fue creado el 1 de agosto de 1998, con el propósito de entrenar a los jóvenes andorranos para el futuro, una visión de futuro que permitió también la creación del Centro Deportivo de Alás, destinado a la creación de nuevos y jóvenes valores que continúen la línea ascendente comenzada hace unos años por el bienestar del deporte andorrano.

A pesar de su corta historia, el fútbol andorrano escribió determinadas fechas en letras de oro. Pequeñas proezas que hicieron avanzar y progresar la calidad de su fútbol. A nivel de selecciones destaca el 13 de octubre de 2004, día en el que Andorra logró su primera victoria en partido oficial con un gran triunfo por 1-0 ante ARY Macedonia con un tanto de Marc Bernaus. En clubes, el 19 de julio de 2007 el FC Santa Coloma venció al Maccabi Tel-Aviv FC por el mismo resultado para estrenar el casillero de triunfos andorranos en competición europea.

La temporada 2007/08 fue la primera en la que el campeón de la Primera Divisió accedió a la UEFA Champions League en lugar de a la Copa de la UEFA (a la UEFA Europa League), para la que hay espacio para el campeón de copa. Fue precisamente en esta competición donde el Sant Julià se convirtió en el primer equipo en vencer una eliminatoria europea tras superar en la tanda de penaltis al SP Tre Fiori en la primera ronda de clasificación.

Andorra puede estar orgullosa de su progreso y de sus objetivos, muy realistas, dentro y fuera de los terrenos de juego. La FAF continuará su apuesta por el fútbol base en su búsqueda de nuevos y jóvenes jugadores capaces de saltar a la escena internacional.