Históricamente el desarrollo del fútbol en Kazajstán estuvo muy ligado al de la URSS, porque Kazajstán fue parte de la Unión Soviética desde 1922 a 1991. Sus clubes participaron en el campeonato de la URSS, y el FC Kairat Almaty de la antigua capital del país fue el que equipo que tuvo más éxito, terminando en la séptima plaza de la máxima categoría de diez equipos en el 1986. El Kairat también levantó la Copa de la Federación de Fútbol Soviética dos temporadas después, tras derrotar al PFC Neftçi de Azerbaiyán. Los jugadores de Kazajstán también jugaron de forma regular en las selecciones nacionales de la URSS.

Los más conocidos de estos jugadores fueron Seilda Baishakov y Yevgeny Yarovenko, ambos del Kairat. Yarovenko fue campeón olímpico con la URSS en 1988. Aleksander Khapsalis, del Kairat, y Aleksander Kadeikin, del FC Irtysh Pavloda, habían ganado anteriormente el Torneo Internacional Juvenil, tras imponerse a Hungría en 1976.

Los primeros clubes de Kazajstán fueron fundados en 1913/14 en Semipalatinsk, después de que el fútbol fuera introducido por mercaderes locales que habían sido testigos del juego en Inglaterra. Los equipos pioneros, Lastochka, Orlyata, Olimp, SSK y Yarysh, todos surgieron de Semipalatinsk. Mukhtar Auezov, el famoso novelista y poeta kazajo, juegó en el Yarysh. Más tarde, en Pavlodar se fundaron el Yastreb y el Zvezdochka.

En 1928 se celebró en Petropavlovsk la primera competición oficial de la República Autónoma Soviética Socialista de Kazajstán (ASSR). En las siguientes décadas, los futbolistas kazajos participaron en competiciones de la URSS con éxito dispar. El primer órgano que surgió para desarrollar el fútbol en el país fue la Federación de Fútbol de la República Soviética Socialista de Kazajstán, creada en 1959 y reorganizada en 1989.

Después de la independencia del país en 1922, Kazajstán participó en la fase de clasificación para la Copa Mundial de la FIFA de 1998 y 2002 como miembro de la Confederación Asiática de Fútbol (AFC). Superó la primera fase de clasificación ante Pakistán e Irak en 1998, antes de caer ante Japón, Corea del Sur, Emiratos Árabes Unidos y Uzbekistán en la segunda. El equipo nacional también participó en dos fase de clasificación de la Copa de Asia, en 1996 y 2000, años también en los que intentó sin éxito clasificarse para los Juegos Olímpicos de Atlanta y Sidney respectivamente. Los mayores logros futbolísticos de Kazajstán como nación independiente llegaron con la participación de la selección sub-20 en la Copa Mundial Sub-20 de la FIFA en 1999 en Nigeria, y la cuarta plaza alcanzada por el equipo Irtysh Pavlodar en el Campeonato de Clubes de Asia, ahora conocida como AFC Champions League) en la campaña 2000/01.

La selección nacional de fútbol sala también participó en tres Campeonatos de Asia de Fútbol Sala, quedando tercero en 1999 y segunda en 2000, y logrando la clasificación para la Copa Mundial de Fútbol Sala de la FIFA en Guatemala en el año 2000.

En 1992 se creó la Federación de Fútbol Independiente de la República de Kazajstán (FARK) tras la disolución de la URSS. Dos años más tarde, la federación logró ser miembro de la FIFA y la AFC. Aunque en 2000 la FARK fue reformada para convertirse en la Federación Kazaja de Fútbol (FSK), cuyo mayor logro fue la admisión por parte de la UEFA. Dado que parte del territorio del país está en Europa, el principal argumento para su inclusión, la FSK dejó la AFC en 2001, y 12 meses más tarde fue admitida por la UEFA.

Fue en el Congreso de la UEFA en abril de 2002 en Estocolmo cuando Kazajstán se unió a la familia del fútbol europeo. Como consecuencia de ello, el conjunto nacional participó después en la fase de clasificación europea para las Copas Mundiales de 2006 y 2010 y la UEFA EURO 2008. En esa clasificación, Kazajstán sumó diez puntos, venciendo a Serbia y Armenia, y empatando con Bélgica y Azerbaiyán.

Quizá el progreso más significativo se ha hecho en el sector del fútbol sala. El Kaitat Almaty, el conjunto más fuerte del país, alcanzó en tres ocasiones consecutivas las semifinales de la Copa de la UEFA de Fútbol Sala en cuatro años, logrando incluso la tercera plaza en la edición de 2008/09. Por su parte, la selección sub-21, disputó la edición inaugural del Campeonato de Europa Sub-21 de Fútbol Sala, disputado en San Petersburgo, Rusia, en 2008.