El 8 de marzo de 1931, en Cetinje, capital histórica de Montenegro, se fundó la Federación de Fútbol de Cetinje. Esta organización operó bajo el amparo de la Federación Yugoslava de Fútbol, que supervisaba las diez organizaciones futbolísticas que funcionaban en el Reino de Yugoslavia

Entre dicha fecha de fundación y el comienzo de la Segunda Guerra Mundial un total de 105 clubes se registraron en Montenegro. De los cinco clubes que ganaron el campeonato montenegrino antes de 1941 aún siguen existiendo tres: FK Budućnost Podgorica, FK Arsenal (de Tivat) y FK Lovćen (de Cetinje).

El fin del conflicto mundial llevó el cambio a los administradores del fútbol de Montenegro, que pasó a convertirse en la república más pequeña de la República Socialista Federal de Yugoslavia, estableciéndose una Asociación de Fútbol de Montenegro el 5 de agosto de 1945. Este organismo se convirtió en la Federación Montenegrina de Fútbol (Fudbalski savez Crne Gore - FSCG) el 6 de diciembre de 1948. La federación continuó su función bajo la autoridad de la federación yugoslava.

Después de que el Budućnost Podgorica ganara la liga en 1946, superando a sus rivales como el Lovćen, el FK Sutjeska (de Niksic) o el Arsenal, fue invitado a jugar en la primera liga de la posguerra de toda Yugoslavia en 1946/47. Dos veces finalista de la Copa de Yugoslavia, perdió la final en 1965 ante el NK Dinamo Zagreb (2-1) y después ante el HNK Hajduk Split (2-0) en 1977. El Sutjeska fue el otro único representante de Montenegro en la máxima división del fútbol yugoslavo, y como el Budućnost llegó a jugar la Copa Intertoto de la UEFA en años posteriores.

Los clubes de Montenegro, y el Budućnost en partigular, han sido más conocidos por exportar jugadores de talento a los equipos más importantes de Yugoslavia. Dejan Savićević y Predrag Mijatović son dos de los ejemplos más notables. Savićević ganó dos Copas de Europa, con el FK Crvena Zvezda en 1991 y con el AC Milan en 1994. Mijatović marcó el gol de la victoria en la final de la UEFA Champions League de 1998 que le devolvió el título continental al Real Madrid CF tras 32 años de espera. Otras estrellas del fútbol internacional salidas del Budućnost fueron: Branko Rašović, Zoran Filipović, Ante Miročević, Branko y Dragoljub Brnović, Dragoje Leković, y Željko Petrović.

Tras la ruptura de la República Socialista Federal, Montenegro se convirtió en parte de la República Federal de Yugoslavia, antes de que esta federación fuera remplazada por la unión de Serbia y Montenegro. En este periodo más clubes montenegrinos jugaron en la máxima división, logrando los mejores resultados el FK Zeta. El equipo de la ciudad de Golubovci llegó a la segunda ronda de clasificación de la Copa de la UEFA en 2005, y compitió en la Copa Intertodo de la UEFA en 2006. Además, el Zeta fue el primer campeón de Montenegro tras la independencia del país en junio de 2006, aprobada por un referéndum. El Zeta superó a sus rivales en esa temporada 2006/07 dentro de una liga de 12 equipos organizada por la nueva y autónoma Federación Montenegrina de Fútbol (FSCG). La inclusión de la FSCG en la UEFA y la FIFA llegó los días 26 de enero y 29 de mayo de 2007, respectivamente.

Entre esas dos fechas tan importantes se produjo el debut internacional de Montenegro con una victoria por 2-1 en un amistoso contra Hungría celebrado el 24 de marzo de 2007. Mirko Vučinić e Igor Burzanović marcaron los goles para el equipo entrenado por Zoran Filipović. La selección nacional hizo su debut oficial en un partido de clasificación para la Copa Mundial de la FIFA ante Bulgaria en Podgorica el 6 de septiembre de 2008, encuentro que acabó empate a dos. La primera victoria oficial llegó en casa por 2-1 ante Georgia el 10 de octubre de 2009. Con un equipo que cuenta con jugadores de la clase del delantero de la AS Roma Mirko Vučinić, la joven promesa de la ACF Fiorentina Stevan Jovetić o el centrocampista del Sporting Clube de Portugal Simon Vukčević, Montenegro promete mucho de cara a futuras fases de clasificación.