La clasificación está abierta a todas las federaciones miembro de la UEFA. Los equipos inicialmente en la fase de grupos, con el ganador de cada grupo y un número de los mejores segundos disputando un play-off a doble partido en el que se deciden las siete selecciones que junto con el anfitrión disputarán la fase final.

La fase final del torneo consiste en dos grupos de cuatro selecciones, con los dos primeros clasificándose para las semifinales, que se convierten en eliminatorias. En la fase final que se dispute un año antes de los Juegos Olímpicos (por ejemplo 2011, 2015) también sirve como clasificación para el Torneo Olímpico de Fútbol

Regulaciones
Las regulaciones para el Campeonato de Europa Sub-21 de la UEFA son inicialmente decididas por la Administración UEFA, antes de ser enviadas al Comité de Competiciones de Selecciones Nacionales de la UEFA. Luego se remiten a la aprobación de dicho comité y al Comité Ejecutivo de la UEFA para su ratificación.

Los jugadores son elegibles para jugar en el Campeonato de Europa Sub-21 de la UEFA 2013 si han nacido en o después del 1 de enero de 1990.