La caída de la URSS y la declaración de independencia de Armenia en 1991 han sido los momentos claves de la historia tanto deportiva como política del país. Desde una perspectiva futbolística, esos eventos significaron la fundación el 17 de enero de 1992 de la Federación Armenia de Fútbol (Hayastani Futboli Federacia o HFF). La HFF se convirtió en miembro de los organismos mundiales y europeos, FIFA y UEFA, ese mismo año.

Durante la época soviética, los equipos armenios jugaron dentro del sistema futbolístico soviético, disfrutando su mejor época en la década de los 70. En 1973 el principal equipo del país, el FC Ararat Yerevan, logró el doblete de la URSS al ganar la liga soviética (por delante de equipos como el FC Dynamo Kyiv o FC Dinamo Moskva) y la Copa de la URSS, en la que derrotó en la final al Dínamo de Kiev. El Ararat levantó su segunda copa en 1975, y acabó subcampeón de liga en 1971 y en 1976. Además alcanzó los cuartos de final de la Copa de Europa en 1974/75, donde perdió 2-1 en el global de la eliminatoria frente al FC Bayern München.

Tras estos logros no sorprendió que varios jugadores armenios llegaran a la selección nacional de la URSS. Los más famosos fueron Eduard Margarov y Khoren Hovhannisyan, que jugarón los mundiales de 1966 y 1982, respectivamente. Hovhannes Zanazanyan y Arkadi Andriasyan, por su parte, lograron la medalla de bronce en los Juegos Olímpicos de 1972 en Múnich, un éxito que repitió Hovhannisyan en los Juegos de Moscú ocho años después.

Desde 1992 los jugadores de élite del club han competido en la Premier League armenia o Hayastani Bardzraguyn khumb. Esta división de ocho equipos se desarrolla entre primavera y otoño, y cada equipo juega contra los otros siete dos veces en casa y dos veces fuera. La HFF organiza además la Copa de la Independencia de Armenia, que se celebró la primera vez en 1992, la Supercopa, un campeonato nacional de fútbol sala y varios torneos juveniles.

Las competiciones europeas de clubes son otro reto del fútbol armenio. Los clubes del país participan normalmente en las rondas de clasificación de la UEFA Champions League y la UEFA Europa League. En las últimas temporadas, el FC Pyunik, en la Champions, y el FC Banants, en Copa de la UEFA, ganaron eliminatorias de fases de clasificación antes de caer en las previas.

La selección nacional hizo su debut oficial en la clasificación para el Campeonato de Europa de la UEFA de 1996. Armenia comenzó perdiendo 2-0 frente a Bélgica el 7 de septiembre de 1994, e hizo historia en esa campaña previa a la EURO '96. La selección ganó su primer partido por 2-1 ante Antigua República Yugoslava de Macedonia el 6 de septiembre de 1995. Desde entonces, Armenia ha estado siempre presente en las clasificaciones de las Eurocopas y de las Copa Mundiales de la FIFA. En la ronda de clasificación para la UEFA EURO 2012, quedó tercera en su grupo gracias a la actuación de uno de sus mejores jugadores, el futbolista del FC Shakhtar Donetsk Henrikh Mkhitaryan.

A nivel de infraestructuras, se comenzó a construir en 2007 un centro de entrenamiento para la selección y una academia con una residencia. Este centro se inauguró el 1 de septiembre de 2010 no sólo con campos de entrenamiento para las distintas selecciones de Armenia, también con una academia de formación para jóvenes.

En 2014, se fundó una academia de fútbol en Gyumri que proporcionó la oportunidad de desarrollar el fútbol en el norte del país. Dos años más tarde se abrió otra academia en Vanadzor. El Estadio Republicano de Ereván ha sido renovado parcialmente, y se ha beneficiado mucho de ello sobre todo su terreno de juego, que ahora luce un aspecto impresionante. Mientras que Armenia siempre se ha considerado un país de fútbol, la intención de la HFF es conseguir un mayor reconocimiento internacional tanto para sus clubes como para la selección. Por esta razón está constantemente intentando mejorar su nivel.